私立精英高中里，流传着一个神秘的“秘密教学”社团。据说这个社团不教语数外，只教一些奇怪的“生存技能”，比如如何用圆规开锁、如何分辨跟踪者、如何用书包制作降落伞。主角陈默为了寻找失踪的哥哥，强行加入了这个社团，却发现社团导师竟然是自己的班主任，而成员们个个身怀绝技，他们学习的这些“技能”，似乎与一起涉及整个城市的巨大阴谋有关。
陈默学习用圆规开锁，结果把教室门锁弄坏了。班主任罚他修锁，却偷偷塞给他一把万能钥匙，说：“用这个快一点，下节课要考试。”
社团实践课，要求用书包和窗帘制作降落伞并跳楼（一楼）。陈默吓得腿软，被学长一脚踹下去，发现降落伞成功减速，但自己摔进了花坛。
学习如何用化学试剂去除监控录像。陈默配错了比例，把整个化学实验室搞得烟雾缭绕，触发了火警，反而成功制造混乱让大家撤离。
班主任让陈默跟踪一位可疑的校董。陈默跟得太近，被发现，情急之下假装系鞋带，结果校董也停下系鞋带，两人在巷子里对系了五分钟鞋带。
在图书馆找到哥哥留下的笔记，全是奇怪的符号。社团学姐破译后，发现是一张学校地下管网的地图，标注着“第13号实验体”，正是陈默哥哥的名字。
班主任终于坦白，“秘密教学”是警方安插在学校的卧底培养计划。陈默的哥哥也是成员之一，他因发现了“第13号实验体”的真相而失踪。